Zooplankton merupakan plankton hewani yang penting dalam rantai makanan di perairan. Keberadaan zooplankton  mempengaruhi kesuburan perairan tersebut. Teluk Ambon secara geomorfologi terbagi atas dua bagian yaitu Teluk Ambon Dalam (TAD) dan Teluk Ambon Luar (TAL).  Pesisir Teluk Ambon saat ini telah menjadi pusat kegiatan perekonomian dan pembangunan. Konsekuensinya muncul berbagai dampak yang secara langsung maupun tidak langsung mempengaruhi kualitas perairan, sehingga tujuan penelitian ini adalah mengetahui komposisi dan kepadatan zooplankton di perairan Teluk Ambon Dalam. Penelitian dilakukan pada bulan Mei-Juni  2012 terdiri atas 7 stasiun (Passo, Latta, Nania, Waiheru, Poka, Halong dan Galala). Pengambilan sampel dilakukan sebanyak 2 kali dengan kedalaman 10 m setiap stasiun. Identifikasi sampel dilakukan pada Laboratorium  Pusat Penelitian Laut Dalam LIPI Ambon. Hasil penelitian ditemukan zooplankton sebanyak 30 jenis holoplakton yang digolongkan dalam 4 phylum yaitu Chaetognatha, Arthropoda, Coelenterata dan Protochordata dan 13 jenis meroplankton yang terdiri dari Molusca, Echinodermata, Annelida dan Larva Ikan.  Komposisi zooplankton tertinggi yaitu Arthropoda dengan nilai rata-rata 55% pada bulan Mei dan 72% pada bulan Juni. Kepadatan zooplankton tertinggi bulan Mei ditemukan pada stasiun Latta (31.878 ind/m³) dan terendah pada stasiun Halong (20.196 ind/m³), dan bulan Juni kepadatan tertinggi pada stasiun Latta (33.516 ind/m³ ) danterendah pada stasiun Halong (14.364 ind/m³).