Tujuan utama pengelolaan sumberdaya perikanan ditinjau dari segi biologi adalah upaya konservasi stok ikan untuk menghindari lebih tangkap tangkap. Dalam eksplorasi dan eksploitasi sumberdaya perikanan, diperlukan dugaan potensi sumberdaya perikanan yang dapat memberi gambaran mengenai tingkat dan batas maksimal dalam pemanfaatan sumberdaya perikanan di suatu wilayah. Dengan demikian pembangunan perikanan dapat direncanakan sedemikian sehingga potensi sumberdaya perikanan laut tetap berkelanjutan (sustainable) untuk mendukung kebijakan pengelolaan wilayah pesisir dan lautan. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi potensi dan tingkat pemanfaatan ikan kuwe di perairan laut Flores. Hasil penelitian menunjukan bahwa, jumlah MSY adalah 1261.980 untuk Model Scheafer dan 1173.808 untuk Model Fox dan jumlah effort optimum adalah 302016 untuk Model Scheafer dan 201140 untuk Model Fox, dimana data MSY tersebut menunjukan bahwa produksi ikan kuwe (Carangidae sp) diperairan laut Flores telah mengalami Over Fishing pada tahun 2003 dengan produksi adalah 1298.5000 Ton dan jumlah effort adalah 409346 unit.

Wilayah perairan Pulau Ternate memiliki sumberdaya ikan yang berlimpah dan beraneka ragam, data statistik tahun 2013 menunjukkan bahwa terjadi peningkatan produksi dan jumlah nelayan untuk melakukan penangkapan jenis ikan ekonomis penting. Seiring dengan meningkatnya jumlah penduduk serta kebutuhan pangan dan gizi yang lebih baik akan sangat memacu tingkat permintaan ikan yang tentu akan berpengaruh positif bagi peningkatan pendapatan nelayan, namun perlu disadari bahwa peningkatan permintaan sumberdaya tersebut selalu diikuti tekanan untuk melakukan eksploitasi. Sampai tahun 2015 hasil tangkapan khususnya ikan layang (Decapterus sp) di Perairan Pulau Ternate telah mencapai 336,480.29 ton. Melihat jumlah produksi sumberdaya yang ada, maka tentunnya pengelolaan perikanan menjadi alat yang sangat penting untuk menjaga keberlanjutan sumberdaya ini. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis Potensi Lestari (Maximum Sustainable Yield) dan Upaya pemanfaatan optimum, tingkat pemanfaatan serta produksi CPUE, dari tahun 2008 sampai 2015 dan hasil penelitian diharapkan dapat dijadikan bahan pertimbangan dalam pengelolaan ikan layang (Decapterus sp) secara berkelanjutan di perairan PulauTernate, Provinsi Maluku Utara. Hasil penelitian menunjukan bahwa besarnya potensi lestari (MSY) ikan layang (Decapterus sp) di perairan Pulau Ternate adalah sebesar 311,516.493 ton/tahun dengan upaya maksimum (F-Opt) adalah 10,765.155 trip/tahun. Untuk tingkat pemanfaatan maksimum yang di ijinkan adalah sebesar 80% dari MSY sehingga tingkat pemanfaatan maksimumnya yang dianjurkan adalah sebesar 249,205.19 ton/tahun.

Ikan tongkol termasuk dalam golongan ikan tuna kecil, dan selalu bergerombol. Jenis ikan tongkol yang ada di Selat Makassar Sulawesi Selatan adalah Euthynnus affinis, Auxis thazard, dan Auxis rochei. Data produksi tahun 1999-2007 Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Sulawesi Selatan  menunjukkan bahwa terjadi peningkatan produksi dan jumlah nelayan untuk melakukan penangkapan ikan tongkol.  Permintaan ikan yang meningkat tentu berpengaruh positif bagi peningkatan pendapatan nelayan, namun perlu disadari bahwa peningkatan permintaan sumberdaya tersebut selalu diikuti tekanan untuk melakukan eksploitasi semakin intensif. Tujuan penulisan adalah untuk mengetahui nilai lestari-Maksimum Sustainable Yield (MSY) dan Effort Optimal (Fopt.) ikan tongkol di perairan Selat Makassar Sulawesi Selatan serta mengetahui apakah telah terjadi over fishing atau belum dalam pemanfaatan ikan tongkol. Pengumpulan data dilakukan pada bulan Mei 2010 bertempat di Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Sulawesi Selatan. Penelitian ini dilaksanakan dengan cara menganalisis data sekunder tahun 1999 sampai 2007 yang diperoleh dari Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Sulawesi Selatan dengan model Schaefer dan Fox. Dari hasil penelitian disimpulkan bahwa : 1) nilai lestari (MSY) ikan tongkol di Selat Makassar Sulawesi Selatan adalah 4.069,75 ton per tahun dengan penangkapan optimum (Fopt.) 1.666.666,67 trip per tahun. 2) Keberadaan populasi ikan Tongkol  di perairan Selat Makassar Sulawesi Selatan telah mengalami over fishing, dimana hasil penangkapan pada tahun 2007 sebesar 6.139.6 ton telah melewati nilai lestari (MSY) ikan tongkol sebesar 4.069,75 ton per tahun.

Kabupaten Merauke yang memiliki potensi yang sangat besar salah satunya adalah potensi sumberdaya alam yang dapat diperbaharui. Potensi mangrove yang masih sangat alami mendatangkan kepiting bakau semakin melimpah. Penelitian yang menggunakan data Time series dari Dinas Perikanan dan Kelautan maupun dari laporan tahunan Badan Pusat Statistik Kabupaten Merauke. Pengambilan data dari tahun 2005 - 2011. Analisis data menggunakan Metode dari Schaefer dan Fox. Dari hasil analisis didapatkan bahwa Nilai MSY menurut Schaefer dan Fox upaya penangkapan optimum masing-masing sebesar 109059.8191 ton/unit dan 72382.9154 ton/unit, tingkat eksploitasi kepiting bakau menurut Schaefer sebesar 285.6854% dengan jumlah hasil tangkapan yang diperbolehkan (JTB) sebesar 87247.8553ton/per unit. Menurut analisis dengan menggunakan Teori Fox didapatkan Tingkat eksploitasinya sebesar 430,44% dan jumlah tangkapan yang diperbolehkan (JTB) sebesar 57906.33ton/tahun. T ingkat Tingkat eksploitasi kepiting bakau di Kabupaten Merauke mengalami kondisi tingkat over explotedatau lebih tangkap.